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技术前沿
riboCIRC | 另一个可翻译 circRNA 数据库
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2021-03-12 | 114 次浏览 | 分享到:

最近 circRNA 翻译有点忙。

 

3月4日中大附一张弩教授及合作团队发表了E-Cadherin生成的circRNA能够表达促癌发展的蛋白后,3月8日中山大学眼科中心谢志教授与王宏伟教授团队Genome Biology上发表了数据库 riboCIRC,这是在TransCirc之后的又一篇关于circRNA翻译的数据库资源。

riboCIRC是翻译组数据导向型数据库,探索了3168套已有的Ribo-seq以及1970套配对的RNA-seq,囊括了314个研究以及21个物种。最后,通过配对Ribo-seq/RNA-seq 捕获了大约两千多个circRNAs具有翻译潜能。

 

同时,和TransCirc一样,riboCirc综合了许多与翻译相关的信息,包括:

跨物种保守性

cORF(circRNA ORF) 信息

IRES 信息

m6A 修饰

多肽注释(结构/亚细胞定位等)

MS 质谱信息

Primer 设计

circRNA 图形展示

实验验证的 circRNAs

网址:http://www.ribocirc.com/index.html

TransCirc 比较

 

 

数据来源

 

1 riboCIRC数据构建示意图


 


数据库展示

 

2 数据库主要结果展示

局限性讨论

实际上,用传统 3nt 周期性密码子模式来识别正在翻译的 circRNA 并不合适,特别是要区分 circular linear reads

ribo-seq 捕获到的 circRNAs 并不一定是正处于翻译的 。

riboCIRC 所有结果都有待进一步的实验验证。

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