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技术前沿
circRNA研究汇总 | 20210308-0314
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2021-03-15 | 127 次浏览 | 分享到:

欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目,本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献共计47篇,下面我们一起来看看,circRNA研究最近有哪些新进展。

检索式:(circRNA[Title/Abstract]) OR Circular RNA[Title/Abstract]

 

1、利用纳米孔测序和CIRI-long算法高效鉴定环状RNA 全长转录本

标题:Comprehensive profiling of circular RNAs with nanopore sequencing and CIRI-long

杂志:Nat Biotechnol. 影响因子:36.558

通讯作者:赵方庆研究员(中科院北京生命科学研究院)

 

考虑到circRNA的内部序列与线性mRNA分子高度相似,在数据中很难区分来自环形RNA和线性RNA分子的读段针对长度较长的circRNA分子(>500bp)时,二代测序方法受限于读长限制,目前无法实现全长circRNA的高通量检测。赵方庆教授研究团队构建并优化了环形RNA建库流程,使用随机引物对circRNA进行滚环反转录扩增,结合片段长度筛选 (~1kb),针对长度更长的目标cDNA片段进行富集,最后使用纳米孔测序技术,实现了对目标circRNA的全长序列进行直接测定。同时研究团队还开发了一种算法——CIRI-long重建circRNA的序列。为了评估CIRI-long方法的准确性和效率,研究人员利用模拟数据和多次实验重复,对CIRI-long结果进行了综合评估,发现该方法具有较高的灵敏度,并且与实验结果保持了高度的一致性。同时,结合二代测序结果以及公共数据库的全面分析表明,CIRI-long可以有效地对高表达circRNA进行识别,且与二代测序方法相比,CIRI-long对circRNA的检测效率有着近20倍的提升,对表达丰度较低的circRNA有着更好的识别效果,同时可以识别到长度更长的circRNA分子,大幅提升了circRNA全长的检测能力。 利用该方法,研究人员进一步发现了一类由内含子自连形成的新型circRNA分子(Intronic self-ligated circRNA)。这类circRNA具有特殊的剪接位点内侧的GT-AG信号和较高的两侧序列保守性,在之前的工作中缺乏普遍的研究。此外,研究人员在小鼠不同组织中,对内含子自连型circRNA的表达模式进行了进一步探究,并发现了Tpm1基因可以产生一个长度为767 bp的内含子自连型circRNA ——circTpm1。与Tpm1基因的其他内含子相比,该分子成环区域具有相对较高的保守性,并且与线性mRNA在组织间具有截然不同的表达模式,说明circTpm1并非其母本基因转录的副产物,可能具有一定的生物学功能。 综上,研究人员开发基于纳米孔测序技术的circRNA全长识别流程CIRI-long,提供了样本间整合分析的工具,并针对纳米孔测序的高错误率建立了有效校正方法,为circRNA的功能研究提供了重要的方法学工具,具有很高的应用价值。

 

图注:CIRI-long方法流程

 

2riboCIRC面向circRNA翻译的综合数据库

标题:riboCIRC: a comprehensive database of translatable circRNAs

杂志:Genome Biol. 影响因子:10.806

通讯作者:谢志和王宏伟教授(中山大学中山眼科中心

 

riboCIRC主要是面向circRNA转录和翻译的数据库,专门用于托管、探索、分析和可视化来自多种物种的可翻译circRNA。 该数据库提供了计算预测的核糖体相关circRNA的综合信息,riboCIRC探索了3168套已有的Ribo-seq以及1970套配对的RNA-seq,囊括了314个研究以及21个物种。最后,通过配对Ribo-seq/RNA-seq 捕获了大约两千多个circRNAs具有翻译潜能。riboCirc网站综合了许多与circRNA翻译相关的信息,包括:跨物种保守性、 cORF(circRNA ORF) 信息、IRES 信息、 m6A 修饰、多肽注释(结构/亚细胞定位等)、MS 质谱信息、Primer 设计、 circRNA 图形展示和实验验证的 circRNAs。riboCirc数据库为circRNA翻译研究提供了宝贵资源。

数据库网址: http://www.ribocirc.com

 

图注:riboCIRC数据库网站结构

 

3、癌症相关成纤维细胞衍生的CXCL11通过circUBAP2/miR-4756/IFIT1/3轴调节肝细胞癌细胞的迁移和肿瘤转移

标题:Cancer-associated fibroblast-derived CXCL11 modulates hepatocellular carcinoma cell migration and tumor metastasis through the circUBAP2/miR-4756/IFIT1/3 axis

杂志:Cell Death Dis.影响因子:6.304

通讯作者:易勇和邱双健教授(复旦大学附属中山医院)

 

癌症相关成纤维细胞(carcinoma-associated fibroblasts,CAF) 是构成肿瘤微环境的最主要细胞类型。CAF通过细胞之间的直接接触或分泌多种细胞因子,与肿瘤细胞或间质细胞相互作用促进肿瘤细胞的生长、侵袭和转移,这种表型通过与同居的基质/癌细胞的串扰在肝纤维化和癌变中具有多种作用。本文中研究人员发现其中CAF衍生的细胞因子通过激活肿瘤细胞中的circRNA-miRNA-mRNA轴来增强肝细胞癌(HCC)的进展和转移。 CAF分泌的CXCL11水平明显高于正常成纤维细胞(NFs),并且CXCL11在HCC组织中,尤其是在转移组织中的表达也比癌旁组织高。 CAF衍生和实验引入的CXCL11均能促进HCC细胞迁移。同样,CAFs在原位模型中促进肿瘤迁移,如肿瘤结节数量增加,而CXCL11沉默触发了它的减少。 CXCL11刺激上调circUBAP2表达,这在HCC组织中明显高于癌旁组织。沉默circUBAP2可逆转CXCL11对IL-1β/IL-17表达和HCC细胞迁移的影响。在下游信号途径中,在CXCL11刺激下,HCC细胞中IFIT1和IFIT3的水平显著上调,而在circUBAP2沉默后,IFIT1和IFIT3的水平下调。 IFIT1或IFIT3沉默可降低IL-17和IL-1β的表达,并减弱HCC细胞的迁移能力。在本文中,circUBAP2通过海绵样吸附miR-4756抵消了miR-4756介导的对IFIT1/3的抑制作用。 miR-4756抑制作用可逆转circUBAP2沉默诱导的对IL-17和IL-1β水平以及HCC细胞迁移的影响。在原位肝癌模型中,miR-4756的抑制作用还逆转了沉默circUBAP2诱导的对转移进程的影响。

 

图注: circUBAP2miR-4756对原位BALBc裸鼠肿瘤模型中肿瘤生长和肺转移的联合作用

 

文献列表:

序号

主要内容

论文标题

杂志

IF

单位

1

利用纳米孔测序和CIRI-long算法高效鉴定环状RNA 全长转录本

Comprehensive profiling of circular RNAs with nanopore sequencing and CIRI-long

Nat Biotechnol.

36.558

中科院北京生命科学研究院等

2

riboCIRC:面向circRNA翻译的综合数据库

riboCIRC: a comprehensive database of translatable circRNAs

Genome Biol.

10.806

中山大学中山眼科中心等

3

癌症相关成纤维细胞衍生的CXCL11通过circUBAP2/miR-4756/IFIT1/3轴调节肝细胞癌细胞的迁移和肿瘤转移

Cancer-associated fibroblast-derived CXCL11 modulates hepatocellular carcinoma cell migration and tumor metastasis through the circUBAP2/miR-4756/IFIT1/3 axis

Cell Death Dis.

6.304

复旦大学附属中山医院等

4

分析mRNA和microRNA高通量数据的整合方法

Integrative approaches for analysis of mRNA and microRNA high-throughput data

Comput Struct Biotechnol J.Review

6.018

卢森堡大学等

5

来自不同后生动物的肝炎三角洲病毒样环状RNA编码保守的锤头状核酶

Hepatitis delta virus-like circular RNAs from diverse metazoans encode conserved hammerhead ribozymes

Virus Evol.

5.549

乔治城大学医学中心等

6

肺癌上皮-间质转化相关环状RNA

Epithelial-mesenchymal transition-related circular RNAs in lung carcinoma

Cancer Biol Med.Review

5.432

宁波大学医学院等

7

环状RNA在胃肠道恶性肿瘤中的生物学作用和潜在的临床价值

Biological roles and potential clinical values of circular RNAs in gastrointestinal malignancies

Cancer Biol Med.Review

5.432

宁波大学医学院等

8

环状RNA POSTN通过调节miR-96-5p/BNIP3轴促进心肌梗死诱发的心肌损伤和心脏重塑

Circular RNA POSTN Promotes Myocardial Infarction-Induced Myocardial Injury and Cardiac Remodeling by Regulating miR-96-5p/BNIP3 Axis

Front Cell Dev Biol.

5.201

中国人民解放军总医院等

9

Circ_0088194通过miR-766-3p/MMP2轴促进类风湿关节炎成纤维细胞样滑膜细胞的侵袭和迁移

Circ_0088194 Promotes the Invasion and Migration of Rheumatoid Arthritis Fibroblast-Like Synoviocytes via the miR-766-3p/MMP2 Axis

Front Immunol.

5.085

南方医科大学附属南方医院等

10

m6A RNA甲基化调控的circRNA-miRNA网络的分析和验证揭示了涉及肝细胞癌增殖的CircMAP2K4/miR-139-5p/YTHDF1轴

Analysis and Validation of circRNA-miRNA Network in Regulating m(6)A RNA Methylation Modulators Reveals CircMAP2K4/miR-139-5p/YTHDF1 Axis Involving the Proliferation of Hepatocellular Carcinoma

Front Oncol.

4.848

南方医科大学附属南方医院等

11

CircHIPK3通过miR-637/AKT1途径促进胃癌的发生和发展

CircHIPK3 Promotes the Tumorigenesis and Development of Gastric Cancer Through miR-637/AKT1 Pathway

Front Oncol.

4.848

海军医科大学附属长征医院等

12

circRNA在肝细胞癌的进展、诊断、预后、治疗和耐药中的最新概述

The Latest Overview of circRNA in the Progression, Diagnosis, Prognosis, Treatment, and Drug Resistance of Hepatocellular Carcinoma

Front Oncol.Review

4.848

广西医科大学附属第一医院等

13

敲低circRNA circ_0087378通过调节miR-140-3p/E2F3轴抑制食管鳞状细胞癌的发生和发展

Knockdown of circRNA circ_0087378 Represses the Tumorigenesis and Progression of Esophageal Squamous Cell Carcinoma Through Modulating the miR-140-3p/E2F3 Axis

Front Oncol.

4.848

武汉大学人民医院等

14

测定高糖对人肾小管上皮细胞衍生的外泌体lncRNA、mRNA、circRNA和miRNA的影响

Determining the influence of high glucose on exosomal lncRNAs, mRNAs, circRNAs and miRNAs derived from human renal tubular epithelial cells

Aging (Albany NY).

4.831

郑州大学第一附属医院等

15

环状RNA RHOT1通过mir-106a-5p/STAT3轴促进乳腺癌的进展并抑制肥大症

Circular RNA RHOT1 promotes progression and inhibits ferroptosis via mir-106a-5p/STAT3 axis in breast cancer

Aging (Albany NY).

4.831

北京友谊医院等

16

急性髓细胞白血病中环状RNA的表达失控

Deregulated expression of circular RNAs in acute myeloid leukemia

Blood Adv.

4.584

德国乌尔姆大学等

17

姜黄素通过调节circ-PRKCA/miR-384/ITGB1途径抑制非小细胞肺癌的恶性肿瘤

Curcumin suppresses the malignancy of non-small cell lung cancer by modulating the circ-PRKCA/miR-384/ITGB1 pathway

Biomed Pharmacother.

4.545

山东中医药大学附属医院等

18

环状RNA circANAPC2通过特发性矮小身材的miR-874-3p/SMAD3信号通路介导软骨内骨化的损害

Circular RNA circANAPC2 mediates the impairment of endochondral ossification by miR-874-3p/SMAD3 signalling pathway in idiopathic short stature

J Cell Mol Med.

4.486

南昌大学第二附属医院等

19

circRNA_0068481的上调通过调节miR-646/miR-570/miR-885促进PAH患者的右室肥大

Up-regulation of circRNA_0068481 promotes right ventricular hypertrophy in PAH patients via regulating miR-646/miR-570/miR-885

J Cell Mol Med.

4.486

汉中市中心医院等

20

大肠癌中的环状RNA

Circular RNA in colorectal cancer

J Cell Mol Med.Review

4.486

加拿大劳森健康研究所等

21

血浆hsa_circ_0005397联合血清AFP、AFP-L3作为肝细胞癌的潜在生物标志物

Identification of Plasma hsa_circ_0005397 and Combined With Serum AFP, AFP-L3 as Potential Biomarkers for Hepatocellular Carcinoma

Front Pharmacol.

4.225

南通大学附属医院等

22

CircTP63通过使miR-155-5p变海绵并上调ZBTB18来促进肝癌的进展

CircTP63 promotes hepatocellular carcinoma progression by sponging miR-155-5p and upregulating ZBTB18

Cancer Cell Int.

4.175

烟台毓璜顶医院等

23

CircRNA分析鉴定circRNF180为肝细胞癌的抑癌基因

CircRNA profiling identifies circRNF180 as a tumor suppressor in hepatocellular carcinoma

Epigenomics.

4.112

广西医科大学等

24

敲低circ_0134111通过circ_0134111-miR-515-5p-SOCS1网络缓解了IL-1β诱导的人软骨细胞凋亡,炎症和细胞外基质降解

Circ_0134111 knockdown relieves IL-1β-induced apoptosis, inflammation and extracellular matrix degradation in human chondrocytes through the circ_0134111-miR-515-5p-SOCS1 network

Int Immunopharmacol.

3.943

中南大学湘雅第二医院等

25

长非编码RNA和环状RNA在冠状动脉疾病中的新兴作用。

The Emerging Role of Long Non-coding RNAs and Circular RNAs in Coronary Artery Disease

Front Cardiovasc Med.Review

3.915

伊朗Shahid Beheshti医科大学等

26

环状RNA参与人脐带间质基质细胞衍生的细胞外膜对心肌细胞缺氧/复氧损伤的保护作用

Circular RNA Involvement in the Protective Effect of Human Umbilical Cord Mesenchymal Stromal Cell-Derived Extracellular Vesicles Against Hypoxia/Reoxygenation Injury in Cardiac Cells

Front Cardiovasc Med.

3.915

深圳市儿童医院等

27

鉴定和表征病毒编码的环状RNA

Identifying and characterizing virus-encoded circular RNAs

Methods.

3.812

美国国立卫生研究院等

28

环状RNA circRNA_0000094吸附microRNA-223-3p,并上调F-box和WD重复结构域抑制T细胞急性淋巴细胞白血病的进展

Circular RNA circRNA_0000094 sponges microRNA-223-3p and up-regulate F-box and WD repeat domain containing 7 to restrain T cell acute lymphoblastic leukemia progression

Hum Cell.

3.463

武汉大学中南医院等

29

CircRNA_100565通过miR-337-3p/ADAM28轴调节增殖、凋亡和自噬,从而促进NSCLC细胞的顺铂耐药性

CircRNA_100565 contributes to cisplatin resistance of NSCLC cells by regulating proliferation, apoptosis and autophagy via miR-337-3p/ADAM28 axis

Cancer Biomark.

3.436

海南医学院第一附属医院等

30

伤口愈合中细胞功能的表观遗传调控

Epigenetic regulation of cellular functions in wound healing

Exp Dermatol.Review

3.368

迈阿密大学米勒医学院等

31

CircRNA可能不是“环形的”

CircRNA May Not Be "Circular"

Front Genet.

3.258

江苏省人民医院等

32

环状RNA在肝细胞癌的治疗和诊断中的作用

Circular RNAs Sparkle in the Diagnosis and Theranostics of Hepatocellular Carcinoma

Front Genet.Review

3.258

新加坡国家癌症中心等

33

孤独症小鼠模型中全面的circRNA表达谱和circRNA相关的ceRNA网络的构建

Comprehensive circRNA Expression Profile and Construction of circRNAs-Related ceRNA Network in a Mouse Model of Autism

Front Genet.

3.258

哈尔滨医科大学药学院等

34

UVB诱导的ciRS-7通过旁分泌效应激活黑色素生成。

UVB-Induced ciRS-7 Activates Melanogenesis by Paracrine Effects

DNA Cell Biol.

3.191

中南大学湘雅三医院等

35

CircRNA谱分析揭示circ880在medaka性腺中充当miR-375-3p海绵

CircRNA profiling reveals circ880 functions as miR-375-3p sponge in medaka gonads

Comp Biochem Physiol Part D Genomics Proteomics.

3.011

上海海洋大学等

36

猪圆环病毒2型感染通过猪肾脏15细胞中的circPDCD4/miR-21/PDCD4轴激活NF-kb途径和细胞炎症反应

Porcine Circovirus Type 2 Infection Activates NF-kB pathway and Cellular Inflammatory Responses through circPDCD4/miR-21/PDCD4 Axis in Porcine Kidney 15 Cell

Virus Res.

2.934

华中农业大学等

37

Circ_002059通过miR-182/MTSS1轴抑制胃癌细胞的增殖和迁移

Circ_002059 suppresses cell proliferation and migration of gastric cancer via miR-182/MTSS1 axis

Acta Biochim Biophys Sin (Shanghai).

2.836

安徽医科大学附属第一医院等

38

胸腺瘤相关差异表达环状RNA的鉴定

Identification of differentially expressed circular RNAs associated with thymoma

Thorac Cancer.

2.61

中国医学科学院老年医学研究院等

39

Circ_0074027通过隔离miR-2467-3p来上调RHOA,从而促进非小细胞肺癌的发展

Circ_0074027 contributes to non-small cell lung cancer progression through positively modulating RHOA via sequestering miR-2467-3p

J Bioenerg Biomembr.

2.524

山西省肿瘤医院等

40

circRNA在胎儿发育,肌肉发育和家畜泌乳调控中的功能作用

Functional Role of circRNAs in the Regulation of Fetal Development, Muscle Development, and Lactation in Livestock

Biomed Res Int.Review

2.276

西南大学动物科学技术学院等

41

环状RNA circ_0000467通过miR-382-5p/EN2轴调控大肠癌的发展

Circular RNA circ_0000467 regulates colorectal cancer development via miR-382-5p/EN2 axis

Bioengineered.

2.205

宜昌市第一人民医院。等

42

乳腺癌中hsa_circ_0006220的下调及其与临床病理因素的关系

Downregulation of hsa_circ_0006220 and its correlation with clinicopathological factors in human breast cancer

Gland Surg.

2.19

中国医科大学附属第一医院等

43

IGF2R环状RNA hsa_circ_0131235在颞叶中间皮层的表达与AD病理相关

IGF2R circular RNA hsa_circ_0131235 expression in the middle temporal cortex is associated with AD pathology

Brain Behav.

2.091

哈佛医学院等

44

Circ_DOCK1通过miR-132-3p调控USP11以控制结直肠癌的进展

Circ_DOCK1 regulates USP11 through miR-132-3p to control colorectal cancer progression

World J Surg Oncol.

1.963

海南省人民医院等

45

CircRNA circ_0067772通过调节miR-1238-3p/FOXG1轴来加剧皮肤鳞状细胞癌的恶性进展

CircRNA circ_0067772 aggravates the malignant progression of cutaneous squamous cell carcinoma by regulating miR-1238-3p/FOXG1 axis

Genes Genomics.

1.188

淮安市第一人民医院等

46

环状RNA TRAPPC6B通过靶向microRNA-874-3p抑制巨噬细胞中的细胞自噬,同时抑制细胞内结核分枝杆菌的生长

Circular RNA TRAPPC6B inhibits intracellular Mycobacterium tuberculosis growth while inducing autophagy in macrophages by targeting microRNA-874-3p

Clin Transl Immunology

0

中国广东省医科大学等

47

Hsa_circ_000425在结直肠癌中的表达规律及临床病理意义

The Expression Pattern and Clinicopathological Importance of Hsa_circ_000425 in Colorectal Cancer

Int J Mol Cell Med

0

伊朗加兹温医科大学等

 

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